L'abbazia di San Faustino venne edificata sui ruderi di una villa romana, 
della quale recenti scavi hanno rivelato le fondazioni ed ambienti destinati alla lavorazione dei prodotti agricoli ad essa connessi. La chiesa è dedicata a San Faustino che la leggenda indica come discepolo e confessore del vescovo della Civitas Martana San Felice. Intorno all'VIII secolo i monaci benedettini edificarono sulla tomba del Santo la chiesa e l'attiguo monastero, che ritroviamo ricordati alle dipendenze del monastero di Farfa in alcuni documenti del 1115 e 1118. Dopo i benedettini fu ridotta a collegiata di preti secolari.
La facciata, di stile lombardo, deturpato da un porticato moderno (1950), presenta, in alto, una elegante trifora con colonnine marmoree affiancata, a destra dall'epigrafe con l'iscrizione di Lucius Julius Marcianus e di sua moglie Publicia e, a sinistra da un frammento di fregio dorico con metope a rosette e bucrani; un altro frammento dello stesso fregio che si trovava murato sotto una finestra del cortile è stato, recentemente, portato all'interno della chiesa.
La parete destra si eleva su di un alto basamento di blocchi di travertino ed è scandita da pilastri semicircolari come l'abside ducentesca.
L'interno, ad unica navata, è molto rimaneggiato. In origine doveva avere il presbiterio sopraelevato con sottostante cripta. Al centro dell'abside sono interrati due sarcofagi, uno dei quali è venerato come quello di San Faustino. All'interno sono pure conservati alcuni frammenti scultorei di varie epoche ed alcune iscrizioni tra le quali, interessante, quella che ricorda il passaggio del pontefice Pio II nel dicembre del 1462.
All'interno è conservato un affresco del pittore aretino Sebastiano Florii raffigurante la Madonna del Rosario (1580).
Di particolare interesse la semplice e rustica struttura dei locali dell'ex monastero benedettino ed un architrave altomedioevale con rozze incisioni di incerto significato.
L'elegante campanile è di recente costruzione (1925) ma si armonizza felicemete con lo stile romanico della chiesa.